a mangueira nova tem as mesmas dimensões e diametro da antiga?
e pode ser falha na ignição mesmo, já aconteceu algo parecido quando usei amplificador de faisca, o amplificador deu pau e dava esses mesmos sintomas, foi so tirar ele que o carro voltou ao normal. sei que nao tem amplificador no seu, mas reveja a instalação da sua nova bobina.
aça um teste simples, tente pegar emprestado outra bobina mi.